李深，字叔平，光泽乌洲人。生于北宋皇祐元年(1049年)。少孤，力学不倦，熙宁九年(1076年)中进士。初任曹州济阴县(今山东曹县西北)主簿，后历任饶州鄱阳(今江西鄱阳县东)、蔡州遂平(今河南遂平县)知县，为官清慎。
绍圣初(约1094年)，李深被召充编敕所详检校文字官。时章惇为相，议改雇役为差役，深因反对，被降官一级，以宣奉郎外调至东京，抽税竹木场。绍圣四年(1097年)，复为直奉郎、通远军(今甘肃陇西县)通判。元符间(1098～1100年)，朝廷下诏求言，深从陇西上 书痛斥章惇等任人唯亲，欺君误国，结果遭到破孩。时适值枢密院言熙河路经略钟传等进筑丹喇关，奏报失实，章惇等借此诬李深在军中参议军务，奏报失实一事与其有关，责令降官一级。后经曾布奏报，边人皆以深为柱石，进筑丹喇关奏报失实一事，深不应负责。朝廷接报后，即派章楶和孙路两人深入边关调查，澄清事实，并恢复李深的官职，改任朝散郎。后又为章惇等新陷，被罢官回乡。
建中靖国元年(1101年)徽宗即位，兼用新、旧两派人物，以消释“朋党之争”，李深复为司农寺丞，领管户部役法。深对雇钱重的地方，请旨减免，以减轻民众的负担。崇宁二年(1103年)，蔡京当国，大肆破孩元符末年(约1100年)上 书言事揭露其罪恶之人。深被开除名籍，编管到复州(今湖北沔阳县)，交由当地官员监督。崇宁三年(1104年)，深与陈瓘、任伯雨等人又被划入元祐党籍，受到更加残酷的打击。崇宁四年(1105年)，从复州编管到建昌军(今江西南城)，后又改解到青州(今山东益都县)。崇宁五年(1106年)，深恢复官职，但因久受折磨，不久病卒于海陵(今江苏泰县)，赠朝散大夫，著有《杭川集》20卷。