秦世祯，汉军正蓝旗人，初籍广宁，清初官吏。
顺治二年，以贡生除直隶文安知县。三年，行取授御史，疏请画一各省裁免赋役，从之。四年，巡按浙江。八年，甄别台员，列一等。寻命巡按江南。世祯察淮、扬各郡蠹役害民，严治其罪。徒党聚盟，仇诉告者，世祯执为首者系之狱，疏上其事，并言惩蠹於事后，不若使不为蠹。请饬督抚以下至州县，毋於经制外滥设胥役，并定年限，毋令久充，上从之。时方大兵后，田亩淆乱，官为丈量，胥役因缘为奸。世祯令编列“鱼鳞册”，使民自丈量，赢缩胥复其旧，荒坍皆有别。州县徵赋，民或逾额输纳，世祯限夏税五月，秋粮九月，先给“易知单”，示以科则定数。又令每甲汇列赋额及输户为“滚单”，使里长按户递传，输赋则填注。先行之苏州，民以为便，条列以闻，通行诸府。又以徵银设柜，有司奉行不实，请增司府印封，立日收簿，输户自封投柜，验数书之簿。又请革佥点粮长之例，改官收官兑。并下部，著为令。巡抚土国宝贪酷病民，以世祯劾，罢。
主要成就十年，还京，迁大理寺丞。十一年，擢浙江巡抚，疏请增造战舰，精选水师；别疏言沿海渔舟，往往通寇，请按保甲法，以二十五舟为一队，无事听采捕，有事助守御：并议行。十二年，与佟岱互劾，调操江巡抚，解佟岱任，命暂管总督事。寻以李率泰等疏论成功陷舟山，世祯不能辞咎，与佟岱并夺官。卒。著有《抚浙疏草》《署督疏草》《抚浙移牍》。